Unter dem Trepanieren des Schädels versteht man im Allgemeinen das Bohren von Löchern in die knöcherne Hirnschale. Entweder schnitt man ein drei- oder viereckiges Stück der Schädeldecke aus, oder bohrte eine kreisrunde Linie, um das davon umschlossene Knochenstück zu entfernen, oder schabte den Schädelknochen ab.

Abb. 1:   
Trepanationsbohrer im Einsatz, 1679

Welche Vorstellungen sich dahinter verbargen, hing ganz von der Zeit ab, in der diese Eingriffe durchgeführt wurden. "Böse Geister", Dämonen, die den geplagten Patienten befallen hatten, sollten aus dem Körper ausgetrieben werden - eine Öffnung im Kopf galt dabei als sicherer Weg. Noch heute praktizieren Naturvölker Schädel- öffnungen bei Kopfschmerzen.
Als Werkzeug benutzte man in frühen Zeiten scharfe Steine. In der Zeitspanne, in der die Kelten ihre Blütezeit erlebten (vor etwa 2500-2000 Jahren), wurde eine Säge zu Hilfe genommen. Schließlich verwendete man Trepanationsbohrer, die immer differenzierter wurden. Trepanationsbestecke zeigen sowohl die speziellen Bohrer als auch Kopfsäge und andere zusätzliche Instrumente.
Heute werden Schädeltrepanationen (Kraniotomien) z. B. bei erhöhtem Hirndruck durchgeführt, um das Gehirn zu entlasten. Kleinere Eingriffe (Bohrlochtrepanation), welche auch in Lokalanästhesie durchgeführt werden können, dienen zur Gewinnung von Hirngewebsproben und damit der Diagnose spezifischer Erkrankungen. Heute stehen Mikroskope und modernste Hochdrill- und mikrochirurgische Werkzeuge zur Verfügung.