Die Entwicklungen in Kirche und Reich konnten nicht ohne Folgen für die Universität Prag bleiben. Nach dem Konzil von Pisa erklärte sich Wenzel zur Anerkennung Alexanders V. als Papst der einheitlichen Kirche bereit, wenn dieser auch ihn anerkenne. Von der Universität forderte er, ihm auf diesem Weg zu folgen. Doch nur die böhmische Nation war dazu bereit, die drei anderen Nationen waren dagegen. Darauf folgte das Kuttenberger Dekret, das auch von Jan Hus unterstützt wurde. Danach erhielt an Stelle der gleichen Stimmen jeder der vier Nationen die böhmische Nation drei Stimmen, die anderen drei Nationen je eine Stimme. Nachdem das Dekret von den benachteiligten Nationen abgelehnt wurde, erfolgte am 09.05.1409 die Absetzung des gewählten Rektors und die Einsetzung eines Böhmen. Das war der unmittelbare Anlass für den Auszug der Magister und Studenten aus Prag.

	Kurfürst Friedrich I. der Streitbare

Die Mehrzahl der Magister und mit ihnen viele Studenten gingen nach Leipzig. Der Markgraf von Meißen Friedrich IV. (und spätere Kurfürst Friedrich I.) der Streitbare bemühte sich um das päpstliche Privileg zur Gründung einer Universität in Leipzig. Er sah darin die Möglichkeit, seine Politik zur Entwicklung des wettinischen Herrschaftsbereiches zu fördern. Auch die Stadt Leipzig unterstützte die Gründung der Universität u. a. durch den Erwerb eines Hauses in der Petersstraße.
Mit der Bestätigungsbulle des Papstes Alexander V. vom 9. September 1409 für ein Studium generale wird die Universität Leipzig offiziell anerkannt. Am 2. Dezember 1409 erfolgte in Anwesenheit der wettinischen Landesherren im Thomaskloster die feierliche Eröffnung. Die Bulle des Papstes vom 19. Dezember 1409 wies nach der Gründung der Universität den Bischof zu Merseburg und das Naumburger Domkapitel an, die Magister, Doktoren und Scholaren der Universität hinsichtlich der ihnen zustehenden Rechte, Einkünfte und Güter zu schützen.

Johann Otto von Münsterberg

Von der Universität Prag wurden die bayerische, sächsische und polnische Nation übernommen. Als vierte Nation entstand neu die meißnische Nation. Im Wintersemester 1409/1410 lehrten und studierten an der Universität Leipzig 43 Magister und 369 Studenten. Gründungsrektor war der aus Schlesien stammende Angehörige der polnischen Nation Johann Otto von Münsterberg.

Leipzig ist nach Heidelberg (gegründet 1385) die zweitälteste Universität in Deutschland, die ohne Unterbrechung ihren Lehrbetrieb durchgeführt hat. Die vor Leipzig gegründeten Universitäten Köln (1388) und Erfurt (1392) wurden 1788 bzw. 1816 geschlossen und erst viel später wieder eröffnet.