Die Lehre an den mittelalterlichen Universitäten war von der Scholastik dominiert. Sie entstand an den Dom- und Klosterschulen aus dem Unterricht in den sieben freien Künsten als scholastische Philosophie und aus der Unterweisung in der christlichen Glaubenslehre als scholastische Theologie und ist durch die Verbindung der christlichen Offenbarungslehre mit dem vor allem an Aristoteles orientierten philosophischen Denken gekennzeichnet. Die scholastische Methode folgte strengen Regeln der Fragestellung, der Erarbeitung der Lösung und der Antwort auf Gegengründe. Sie war mit der Hochschätzung der philosophischen und theologischen Autoritäten sowie mit dem Anknüpfen an die antike und christliche Überlieferung verbunden.
Auch die Universität Leipzig stand in dieser Tradition. Von Prag war die Gliederung in die vier klassischen Fakultäten übernommen worden: die Artistenfakultät, die Theologische Fakultät, die Juristenfakultät und die 1415 gegründete Medizinische Fakultät. Die erfolgreiche Absolvierung der Artistenfakultät war Voraussetzung für die Fortsetzung des Studiums an einer der drei höheren Fakultäten.

Platon mit seinem Schüler Aristoteles

Im Mittelpunkt der Lehrtätigkeit der Artistenfakultät standen die sieben freien Künste (Artes liberales) mit den drei sprachlichen Fächern Grammatik, Dialektik, Rhetorik (Trivium) und den vier mathematisch-realen Fächern Arithmetik, Geometrie, Musik, Astronomie (Quadrivium). Eine besondere Rolle hierbei spielten die Schriften des Aristoteles zur Erkenntnistheorie, zur Logik, zur Wissenschaftstheorie, zur Naturphilosophie, zur Metaphysik, zur Ethik, zur Rhetorik, zur Kunsttheorie (Poetik).
Die Gründung der Leipziger Universität erfolgte in der Periode der Spätscholastik, in der die Auflösung der Einheit des mittelalterlichen Denkens begann. Insbesondere mit dem durch Ockham (1285 - 1349) weiterentwickelten und verbreiteten Nominalismus, der die Universalien (Allgemeinbegriffe) als Namen ansah, denen nichts Wirkliches entspricht. Daraus entstand die Tendenz, die Philosophie von der Theologie zu trennen. Dem entgegen stand der Realismus, der davon ausging, dass die Universalien eine von Erkenntnis und Bewusstsein unabhängige externe Realität darstellen. In Leipzig lehrten Vertreter beider Richtungen.
Diese Auseinandersetzungen wurden auch durch die Entwicklung der Naturforschung beeinflusst. Zu den Aufgaben gehörte auch die Beschäftigung mit der Astrologie und das Stellen von Horoskopen.
Gegenstand der Lehre an der Theologischen Fakultät waren neben den alttestamentlichen und neutestamentlichen Schriften vor allem die Konzilsbeschlüsse und die päpstlichen Erlasse (Dekretalen). An der Juristenfakultät wurde römisches Recht gelehrt. Grundlage war das Corpus Iuris Civilis, das von Justitian I. in der Zeit um 530 herausgegeben wurde. Es bestand aus den Teilen Institutionen (Lehrbuch nach Gaius u.a.), Digesten (Schriften römischer Juristen vom 1. Jh. v. Chr. bis 3. Jh. n. Chr.), Codex (kaiserliche Erlasse von Hadrian bis Justinian) sowie Novellen (Nachträge und Einzelgesetze Justinians).