Der sächsische Kurfürst August als Anhänger des lutherischen Glaubens hatte 1555 den Augsburger Religionsfrieden mit ausgehandelt. Damit fand die lutherische Kirche reichsrechtliche Anerkennung und wurde in Kursachsen und damit auch an der Leipziger Universität zur herzoglich verordneten Theologie. Die sich an den anderen wettinischen Universitäten formierenden Strömungen - in Wittenberg die Philippisten und in Jena die Flacianer - bekämpfte der Kurfürst nach anfänglicher Unterschätzung später mit rücksichtsloser Vertreibung und wurde zum eifrigen Förderer der innerlutherischen Einigungsbemühungen, die 1577 in der Konkordienformel mündeten. Bereits im Mai 1574 wurden die Theologen der Universität auf dem Landtag zu Torgau verhört und ihnen die "Torgauer Artikel" vorgelegt. Da alle Leipziger Theologen unterschrieben, ging die kurfürstliche Abrechnung mit den Philippisten in Leipzig ohne große Erschütterungen vorüber.

Nikolaus Selnecker

Der Leipziger Superintendent, das Mitglied der Theologenfakultät Nikolaus Selnecker sowie der aus Württemberg berufene Jakob Andreae wirkten aktiv am Zustandekommen der Konkordienformel mit, die als neues Bekenntnis das rechtgläubige Luthertum als die reine Lehre sichern sollte. Die zerstrittenen Lutheraner sollten auf der Grundlage einer verbindlichen dogmatischen Friedensformel geeinigt werden. Kurfürst August forderte von allen Pfarrern und Lehrern die Unterschrift, die am 22.Juli 1577 nach Verlesung im Auditorium des Großen Fürstenkollegs durch die Leipziger Geistlichen erfolgte.
Die Konkordienformel stellt ein dogmatisches Bekenntnis zu Luther dar, welches durch einzelne, z.T. spitzfindige Bestimmungen die Freiheit des Glaubens und Forschens einschränkt und eine Scheidewand zwischen lutherischen und reformierten Protestanten aufrichtet. Sie wurde vielfach angefochten und bereits der nachfolgende Kurfürst Christian I. schaffte 1586 die Verpflichtung zur Unterschrift wieder ab. Unter dem Einfluss des aus dem Leipziger Bürgertum stammenden Nikolaus Krell als kursächsischer Kanzler gewann die procalvinistische Politik die Oberhand, was sich auch auf die Leipziger Universität auswirkte.
Nur kurze Zeit konnte Krell seine Ziele verfolgen, denn mit dem Tod Christians 1591 ging diese Periode zu Ende und die von der Konkordienformel geprägte Theologie einer lutherischen Orthodoxie wurde wieder bestimmend. Die calvinistischen Anhänger verließen Kursachsen, was auch zu Verlusten an profilierten Professoren an der Leipziger Universität führte. Die Schulordnung von 1580 wurde wieder in Kraft gesetzt und bestimmte für Jahrzehnte den Lehrbetrieb und die Struktur der Universität. Die feste Lehrnorm in Gestalt der Konkordienformel war wieder durchgesetzt worden.