Im Mai 1542 bewilligte Herzog Moritz von Sachsen (Kurfürst ab 1547) der Universität eine jährliche Zuwendung von 2000 Gulden, die aus Einkünften aus der Verpachtung geistlicher Güter stammte. Die Urkunde darüber bestimmte außerdem die Lehraufgaben, die Besoldung der Dozenten der vier Fakultäten und die Bezüge für die Ämter der Verwaltung sowie das Recht auf Besetzung der Professuren bzw. zumindest das der Bestätigung durch den Landesherrn.
In Verbindung mit der Errichtung der Fürstenschulen bestätigte die "Neue Landesordnung" vom 21.Mai 1543 die Zuwendungen aus den säkularisierten Klostergütern und die Übereignung des Dominikanerklosters St.Pauli. Insbesondere letzteres erhöhte die Spannungen mit dem Rat der Stadt Leipzig, der sich auf Grund des von Herzog Georg dem Bärtigen 1538 eingeräumten Vorkaufsrechtes für die geistlichen Güter innerhalb der Stadt bereits im Besitz des aufgelösten Klosters glaubte. Später unternahm man alle Anstrengungen, um es der Universität abzukaufen. Borner konnte jedoch seinen Plan verwirklichen und eine Übergabe an die Stadt verhindern. Mit dem Klostergelände erhielt die Universität innerhalb der Stadtmauern jenen Raum, der ihr ausreichende Möglichkeiten für den Lehrbetrieb, für die ebenfalls von Borner gegründete und durch Klosterbestände ergänzte Universitätsbibliothek sowie für Wohn- und Wirtschaftsräume bot. Es wurde ohne größere Umbauten bis ins 19. Jahrhundert genutzt.

Das Paulinerkloster um 1543 (Nach Zarncke-Geutebrück 1857)

Erdgeschoss mit Wirtschaftsgebäuden

Bibiliothek und Obergeschoss, I. Stock Mit Anklicken werden diese Grundrisse vergrößert und mit Legenden geöffnet.

Ebenfalls 1543 setzte Herzog Moritz die von der Universität nach Wittenberger Vorbild erarbeiteten Satzungen, die "statuta universitatis scholasticae Lipsiae", sowie die Statuten für die Theologische, die Medizinische und die Artistenfakultät in Kraft. Die Juristen hatten sich mit dem Hinweis auf das Recht der Selbstverwaltung geweigert, dem Herzog eine Fakultätssatzung vorzulegen.
Als bei Zahlung der 2000 Gulden Schwierigkeiten auftraten, erfolgte eine teilweise Ablösung durch die Übereignung der aus dem Besitz des Thomasklosters stammenden Dörfer Holzhausen, Zuckelhausen, Kleinpösna, Wolfshain und Zweenfurth, dazu die Waldung Oberholz bei Liebertwolkwitz, mit allen Zinsen und Diensten. Mit diesen fünf "neuen Universitätsdörfern" verstärkte sich das wirtschaftliche Fundament der Universität und ihre Rolle als Grund- und Gerichtsherr. Diesen Besitzerwerb bestätigte eine Urkunde der Herzöge Moritz und August vom 22.April 1544, die zugleich nochmals alle landesherrlichen Zuwendungen zusammenfasste und einen Schlussstrich unter die seit 1539 währenden Bemühungen zur Umgestaltung der Universität im Geiste des Humanismus und der Reformation zog.

Quelle:
Franke, E.: Die Universitätsgebäude von 1409 bis ins 17. Jahrhundert
in Füßler, H. (Hrsg.): Leipziger Universitätsbauten, Leipzig 1961, S. 121-164