Die Philosophie an der Universität Leipzig war gekennzeichnet von der Schulphilosophie lutherischer Prägung. Die Universität entwickelte sich im Laufe des 17. Jahrhunderts zur Hochburg der protestantischen Orthodoxie. Die Theologen verfochten ein Luthertum der Konkordienformel, deren Zwängen sich die Gelehrten in Übereinstimmung mit der kursächsischen Politik im Jahre 1580 unterworfen hatten.
Die lutherische Schulphilosophie war in ihrer ersten Phase (etwa bis 1630) gekennzeichnet durch die enge Bindung an die Theologie. Sie trat nicht als homogene, eigenständige Universalwissenschaft auf, sondern wirkte als Magd der Theologie. Sie war ausgerichtet auf die Darstellung und Erklärung des Christentums. Die dogmatischen Vorgaben dieser altprotestantischen Orthodoxie bestimmte den Universitätsbetrieb und ließ keinen echten Fortschritt zu.
Charakterisiert werden kann die Leipziger Schulphilosophie dieser Zeit durch eine Art "vernunftkritischer Frömmigkeit", später als pietistisch bezeichnet. Die Schwerpunkte lagen dabei in der philosophischen Methodologie, vor allem in der Logik und der Wissenschaftslehre. Es erfolgte eine Verschiebung des methodologischen Schwergewichts von der Dialektik zur Logik im Sinne einer in allen Realdisziplinen verwendbaren Beweistheorie - eine Anlehnung an die paduanisch-aristotelische Methodologie. Auch die Pflege der Metaphysik wurde wiederbelebt, die bei Melanchthon bereits 1530 abgeschafft war.

Einer der führenden Vertreter dieser philosophischen Richtung in Leipzig war Johannes Neldel (1554 - 1612). Er studierte an der Universität ab 1571 und war später Professor der Rhetorik (1586) und des Organon (1588). Neldel ist wichtig als einer der entschiedensten Verfechter des Abschiedes vom rhetorisch-dialektischen Verständnis der Logik bei Melanchthon zugunsten ihrer instrumentalistischen Begrenzung bzw. Verallgemeinerung als Methode jedweder Realdisziplin. Für das Erlernen logischen Denkens ist das aristotelische Organon völlig zureichend, so die Auffassung Neldels. Seine Logikschule verkörpert eindrücklich den neuen schulphilosophischen Aristotelismus schegkisch-paduanischer Prägung.

	Jakob Thomasius

Erst mit Jakob Thomasius (1622 - 1684), dem Vater des bekannteren Christian Thomsius, begann sich die Situation zu verändern. Er studierte ab 1640 in Leipzig und Wittenberg, wurde 1652 Professor der Ethik, 1656 Professor der Dialektik und 1659 Professor der Rhetorik an der Leipziger Universität und damit Lehrer von Pufendorf und Leibniz. Er führte erstmals historische Fragestellungen in das Studium der Philosophie ein und übte grundsätzliche historische Kritik an der Leitwissenschaft der Schulphilosophie - der Metaphysik sowie an der Interpretation des Aristoteles. Thomasius wollte die Geschichte der Philosophie nicht weiterhin als bloße Literaturgeschichte verstanden wissen, sondern ihm ging es um die Geschichte der philosophischen Lehrsätze. Er selbst hat allerdings nicht die entscheidenden Thesen dazu formuliert. Dies tat dann später sein Schüler Leibniz.