Ende des 18. Jahrhunderts war die Anzahl der Universitäten im deutschsprachigen Raum auf 43 angestiegen. Die Zahl der Studenten pro Universität ging durch diesen "Wildwuchs" - nicht selten waren Universitäten aus den Launen kleiner Landesfürsten heraus gegründet worden - stark zurück und betrug bei vielen Einrichtungen weniger als 200 Studierende. Die Leipziger Universität lag mit etwa 400 eingeschriebenen Studenten nach Halle (etwa 730) und Göttingen (etwa 660) in der Spitzengruppe. Im ersten Jahrzehnt des 19. Jahrhunderts kam es deshalb, beschleunigt durch die politischen Ereignisse dieser Zeit, zu einer drastischen Reduzierung der Universitätsstandorte. Viele Universitäten wurden aufgelöst oder integriert, wie Wittenberg und Erfurt aus dem mitteldeutschen Raum. Die überlebenden Einrichtungen bekamen dadurch wieder mehr Spielraum für ihren Lehrbetrieb.
Zu den "Überlebenden" gehörte die "Alma mater Lipsiensis". Als Folge der Aufklärung war es an der Universität zu einer weitgehenden Differenzierung der Fächer gekommen. Eine Kombination von Wissensgebieten innerhalb eines Lehrstuhles wurde weitgehend vermieden. So gab es in den vier Fakultäten immerhin dreißig Ordinariate, die sich wie folgt aufgliederten:

Theologische Fakultät	4 Ordinarien
	Dogmatik und Moral
	Exegese
	Kirchengeschichte
	Hebräische Sprache

Juristische Fakultät	8 Ordinarien
	Institutionen	Lehnsrecht
	Pandekten	Natur- und Völkerrecht
	Strafrecht	Kirchenrecht
	Staatsrecht	Sächsisches Recht

Medizinische Fakultät	6 Ordinarien
	Anatomie	Chemie
	Physiologie	Therapie (2 Lehrstühle)
	Pathologie

Philosophische Fakultät	12 Ordinarien
	Philosophie	Politik
	Logik	Dichtkunst
	Moral	Klassische Philologie
	Metaphysik	Physik
	Beredsamkeit	Mathematik
	Geschichte	Ökonomie

An der Universität lehrten zur Jahrhundertwende achtundfünfzig ordentliche und außerordentliche Professoren, eine für die damalige Zeit hohe Zahl und Voraussetzung für die herausragenden wissenschaftlichen Leistungen dieser Epoche.
Auch die Einrichtungen für Forschung und Lehre wurden in dieser Zeit wesentlich erweitert. Dazu im folgenden einige Beispiele.

Im Turm der Pleißenburg entstand in den 1790-er Jahren die Sternwarte der Universität (siehe nebenstehende Abbildung). Der erste Observator und außerordentliche Professor Christian Friedrich Rüdiger (1760-1809) verfasste das "Handbuch der rechnenden Astronomie" und war Mitglied der Großbritannischen Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen.

Ebenfalls in der Pleißenburg - im Gebäude neben dem Turm - wurde 1804/05 das erste chemische Labor der Universität eingerichtet, ein Verdienst des Professors Christian Gottlob Eschenbach (1753 bis 1831).
Dieses Labor war der Ursprung der empirischen Arbeitsrichtungen in der chemischen Forschung in Leipzig.

Zwischen Pleißen- burg (heutiges Neues Rathaus) und dem heutigem Bundes- verwaltungsgericht kam die Universität durch die Triersche Stiftung in den Besitz eines Geländes, auf dem der Botanische Garten unter großzügigeren Bedingungen als im bisherigen Kloster- bereich eingerichtet werden konnte.
Unter der Leitung des Botanik-Professors Christian Friedrich Schwägrichen (1775-1853) begann eine zunehmende Spezialisierung dieses Bereiches, was auch mit der Überführung von der Medizinischen in die Philosophische Fakultät zum Ausdruck kommt.


 
Zusammen mit der Stadt Leipzig richtete die Universität ein klinisches Institut in einem städtischen Krankenhaus ein. Im Hospital St.Jakob, am Rande des Rosentals gelegen, führte am 29. April 1799 der Mediziner Ernst Platner (1744 bis 1818) erstmals Unterweisungen direkt am Krankenbett durch.