Noch um die Mitte des 19. Jahrhunderts hatte Gustav Theodor Fechner als Professor für Philosophie versucht, zwischen Metaphysik und aufkommenden naturwissenschaftlichen Erkenntnissen auf mystische Weise zu vermitteln, vor allem um die Theologie aus entstandenen Erklärungsnöten zu befreien. Jedoch ließ sich der rasant fortschreitende Erkenntnisprozess in den Naturwissenschaften und seine Auswirkungen auf andere Disziplinen auch an der Leipziger Universität nicht aufhalten. Die Einrichtung naturwissenschaftlicher Institute und die damit verbundene Herausbildung eigenständiger Wissenschaftszweige unterstreicht diese Entwicklung.

Augusteum - Sitz des Physikalischen Cabinettes

Fechner selbst hatte bereits 1835 - da noch als Professor für Physik - mit der Einrichtung des "Physikalischen Cabinettes" im Geutebrückschen Augusteum diese Entwicklung an der Universität eingeleitet. Es war wohl eines der ersten staatlichen Physik-Institute in Deutschland.
Nach Fechner, er musste krankheitsbedingt ausscheiden, übernahm Wilhelm Eduard Weber (1804 - 1891) den Lehrstuhl für Physik von 1843 bis 1849. In dieser Zeit wurde in der Ausbildung der Physikstudenten ein Praktikum eingeführt; auch das war Ausdruck einer neuen Herangehensweise in der Vermittlung naturwissenschaftlicher Erkenntnisse. Weber, der vor allem auf dem Gebiet des Magnetismus erfolgreich forschte, ließ auch ein eisenfreies Laboratorium zur Messung magnetischer Felder einrichten.

Die Chemie war traditionell als Hilfswissenschaft in der Medizinischen Fakultät angesiedelt. Mit dem Wirken von Otto Linné Erdmann (1804 - 1869) als Ordinarius für Technische Chemie ging sie 1835 in die Philosophische Fakultät über und begann hier ihren Weg zu einem selbständigen Wissenszweig.

	Frideridianum - Sitz des Cemischen Laboratoriums

Für Erdmann entstand 1843/44 im Neubau des Fridericianums ein "Chemisches Laboratorium". Er übertrug damit die von Liebig in Gießen eingeleitete spezifische Chemieausbildung auf die hiesige Universität.
Mit der Einbeziehung labortechnischer Experimente in den Unterricht hatte Erdmann entscheidenden Anteil an der Begründung des neuen Berufsbildes des Chemikers. Seine Erfahrungen und grundlegenden Gedanken über Ziele und Methoden der Chemikerausbildung veröffentlichte er 1861 in der Schrift "Ueber das Studium der Chemie". Auch mit der Begründung der Fachzeitschrift "Journal für praktische Chemie" im Jahre 1834, deren Redaktion er bis zu seinem Tod vorstand, leistete er einen herausragenden Beitrag zur Eigenständigkeit der Chemie. Diese bedeutende Leipziger Chemie-Zeitschrift hat bis zum Jahre 2000 existiert.

Unmittelbar nach 1850 wurden eine Reihe weiterer naturwissenschaftlicher Institute und Einrichtungen an der Leipziger Universität gegründet, die den Aufstieg der Alma mater Lipsiensis zu einer bedeutenden Einrichtung der naturwissenschaftlichen Lehre und Forschung in Deutschland einleiteten.
Dazu gehörten

1861 die Einweihung der neuen Sternwarte am Johannistal nach Entwürfen des
        Ordinarius für Astronomie, Karl Christian Bruhns (1830 - 1881),

1869 die Gründung des Landwirtschaftlichen Instituts unter Adolf Blomeyer
        (1830 - 1889),

1873 die Einrichtung eines Mineralogischen Instituts in Verbindung mit der
        Mineralogischen Sammlung durch Ferdinand Zirkel (1838 - 1912).