Bei den Bombenangriffen im Dezember 1943 wurde die Universität teilweise zerstört, so dass der Lehrbetrieb nur mit Einschränkungen fortgesetzt werden konnte. Vom 18.April, dem Tag des Einmarsches amerikanischer Truppen in Leipzig, bis zum 20.April, dem Tag der Kapitulation, gab es Kämpfe in Stadtteilen oder um einzelne wichtige Gebäudekomplexe, wie den Hauptbahnhof, das Rathaus oder das Völkerschlachtdenkmal. Dann begann der schwierige Nachkriegsalltag. Die Militärregierung, geführt von Stadtkommandant Major Keaton, erließ zahlreiche Verordnungen und Proklamationen. Diese regelten unter anderem die Sperrstunde, verboten die Herausgabe von Zeitungen und das Benutzen von Fotoapparaten.

Nach Kriegsende galt es, den Lehrbetrieb nach Zusammenbruch des Naziregimes aufrecht zu erhalten. Voraussetzung war die Neuorganisation der Universitätsführung. Eine Woche vor der Kapitulation 1945 erhielt die Universität von den Amerikanern die Genehmigung zur Wahl eines neuen Rektors, mit der Auflage, der Kandidat dürfe kein Parteigenosse sein. Da die Amerikaner Versammlungen mit mehr als 5 Personen verboten hatten, erfolgte die Wahl schriftlich. Am 11.Mai 1945 erfolgte ein Aufruf zur Wahl des Rektors, die am 16. Mai erfolgen sollte.
In einem Schreiben vom 11. Mai wurden die Kandidaten benannt. Einige Professoren lehnten eine Kandidatur ab (Heinrich Bornkamm, Theodor Frings, Theodor Litt, Ludwig Weigmann, Burckhardt Helferich, Eberhardt Schmidt).
Zustimmung zur Wahl gaben die Professoren Albrecht Alt, Friedrich Hund und Bernhard Schweitzer. Hans-Georg Gadamer, der die Organisation leitete, war bei dieser ersten Wahl nicht im Gespräch. Die Wahl fiel auf den konservativen Bernhard Schweitzer (1892-1966), der die geisteswissenschaftliche, humanistische und unabhängige Tradition der Universität Leipzig verkörperte. Als erste Amtshandlung nahm Schweitzer die Selektion von Dekanen vor. Am 19.Mai ernannte er seinen Freund Hans-Georg Gadamer zum kommissarischen Dekan der gesamten philosophischen Fakultät.
Der Rektor Bernhard Schweitzer bemühte sich, die Autonomie der Universität durch eine neue Universitäts-Satzung zu sichern.
Die amerikanische Reglementierung war gemäßigt, denn es war klar, dass die Truppen - gemäß den Vereinbarungen von Jalta - die Stadt verlassen würden. Der Abzug erfolgte bis zum 2.Juli 1945. Allerdings hatten die Amerikaner am 12. Juni die Inhaber der Verlage Brockhaus, Thieme, Dieterich, Insel und andere in einem Konvoi nach Wiesbaden verfrachtet, später folgte Ernst Reclam. Aber auch führende Wissenschaftler und leitende technische Angestellte wurden im Auftrag der CIC (Spionageabwehr) gezwungen, in die Westzone zu gehen.

Nach dem Abzug der Amerikaner nahm die sowjetische Militäradministration ihren Platz ein. Ihnen war Bernhard Schweitzer zu konservativ, sie sahen in Gadamer einen Mann, mit dem man zusammen arbeiten konnte- er wurde am 21.Januar 1946 zum neuen Rektor gewählt.
Anders als Schweitzer versuchte Gadamer nicht, Marxisten, sofern es sich um qualifizierte Leute handelte, vom Lehrkörper fern zuhalten. Um den Ausbau einer humanistischen Führung der Universität bemüht, ernannte er den Latinisten Friedrich Klinger zu seinem Nachfolger. Die Wiedereröffnung der Universität am 15.Februar 1946 erfolgte mit nur 101 Lehrkräften (vor dem Zusammenbruch waren es 340 Personen). Als Zeichen der ideologischen Neuausrichtung fand die Wiedereröffnungsfeier nicht in der Kirche, sondern im größten Filmtheater Leipzigs statt.

Amerikanern und Russen ging es vorrangig um die Entnazifierung Deutschlands, ein Prozess, der sich über Jahre hinzog. Alle öffentlichen Ämter sollten frei sein von Nazis. Hans-Georg Gardamer z.B. erhielt bereits am 10.Mai 1945 einen Fragebogen der amerikanischen Streitkräfte über seine politische Vergangenheit, die Russen verlangten später erneut Auskunft. Die Universität wurde durch die Entnazifizierungsmaßnahmen getroffen. Die geisteswissenschaftlichen Fächer hatten sich während der Hitlerdiktatur ihre Autonomie weitestgehend bewahrt, jedoch gab es in den anderen Fakultäten wesentlich mehr Parteigenossen, unter den Medizinern beispielsweise 73,5 %. Personalfragen waren also immer Entnazifizierungsfragen. Die Entnazifizierung wurde in der Ostzone intensiver betrieben als in der Westzone, da die russische Kommandantur daran interessiert war, sozialistisch gesinnte Kräfte an den Studieneinrichtungen zu etablieren. Dabei setzten sie auf die Wirkung der enormen Schuldgefühle bei den Deutschen, um ihre Kaderpolitik durch zusetzen.

Quellen:
http://books.google.de/books?id=K6Juo1vrGlQC&pg=PA263&lpg=PA263&dq=Leipzig%2B1945%2Brussen%2BUniversit%C3%A4t&source=web&ots=ZsnABFrQqA&sig=IcZ5a0B7IR8IwFLIocwycjikCcQ&hl=de&sa=X&oi=book_result&resnum=10&ct=result , eingesehen am 04.02.2009
http://www.homepage-europa.at/archiv/hp-europa2005/leipzig1.htm, eingesehen am 04.02.2009