In der DDR gab es drei Hochschulreformen.

Als erste Hochschulreform wurden die Veränderungen im Zuge der Neueröffnung der Universitäten und Hochschulen nach 1945 auf dem Gebiet der Sowjetischen Besatzungszone bezeichnet. Gemäß des SMAD-Befehls Nr. 50 vom 04.09.1945 nahmen sechs Universitäten, darunter Leipzig, ihren Lehrbetrieb wieder auf. Die Reform beinhaltete in erster Linie die Entnazifizierung der Hochschulen und Universitäten. Nationalsozialistisch belastete Hochschullehrer, aber auch andere unerwünschte Personen, z.B. aus Kirchenkreisen, wurden nicht weiter beschäftigt, nur wenig belastete Wissenschaftler, bevorzugt solche, die sich loyal zur Besatzungsmacht und zur SED verhielten, wurden für den Neuaufbau des Hochschulwesens gewonnen. Außerdem sollte das bürgerliche Bildungsprivileg gebrochen werden. Es sollten schnell Arbeiter- und Bauernkinder für das Hochschulstudium befähigt werden (s. dazu Die Arbeiter- und Bauernfakultät). Vorlesungen über Dialektischen und Historischen Materialismus sowie über Politische Ökonomie wurden eingeführt. Pädagogische und Gesellschaftswissenschaftliche Fakultäten wurden gegründet. Die Universitäten wurden in staatliche Anstalten umgewandelt.

Die zweite Hochschulreform war 1951/52. In der Verordnung über die Neuorganisation des Hochschulwesens vom 22.02.1951 wurde die zentralistische Steuerung des Hochschulwesens der DDR erstmalig formuliert. Das neu gegründete Staatssekretariat für das Hochschulwesen war von da an für die Leitung und Koordinierung des gesamten Hochschulbereichs zuständig. Es gab für alle Studienrichtungen einheitliche Studien- und Prüfungspläne mit einer genauen Regelung des Studienganges heraus.
Für alle Studenten an den Hoch- und Fachschulen wurden folgende Pflichtfächer eingeführt:

• das gesellschaftswissenschaftliche Grundstudium mit den Fächern Marxismus-Leninismus,
    Politische Ökonomie und dialektischer und historischer Materialismus
• der Unterricht in russischer Sprache und Literatur und in deutscher Sprache und Literatur
• Sportunterricht.

Mit Beginn des Studienjahres 1951/52 wurde das jeweils im September beginnende 10-Monats-Studienjahr mit dem 1. Vorlesungsabschnitt (Herbstsemester) und dem 2. Vorlesungsabschnitt (Sommersemester) eingeführt. Damit wurde mit dem traditionellen deutschen Semesterstudium gebrochen und eine Anlehnung an das sowjetische Modell vollzogen.
Die Universitätsleitungen wurden um die Prorektorate Gesellschaftliches Grundstudium, Forschungsangelegenheiten, wissenschaftliche Asprirantur und Studentenangelegenheiten erweitert.

Auf dem VI. Parteitag der SED 1963 wurden grundlegende Maßstäbe für die weitere Gestaltung des Hochschulwesens der DDR gesetzt. Mit der Verkündigung des "Gesetzes über das einheitliche sozialistische Bildungssystem" vom 25.02.1965 begann eine neue Entwicklungsphase des Hochschulwesens in der DDR. In der Einleitung des Bildungsgesetzes hieß es: "...Die Verwirklichung der historischen Aufgaben des Programms des Sozialismus, das der VI. Parteitag der SED beschlossen hat, die Meisterung der technischen Revolution und die Entwicklung der sozialistischen Gemeinschaft, erfordert im Interesse der Gesellschaft und jedes einzelnen eine höhere Qualität unseres Bildungswesens, das einheitliche sozialistische Bildungssystem."
Damit wurde die dritte Hochschulreform eingeleitet, die aber erst ab 1967/68 richtig begann. Sie sollte vor allem die Effektivität von Forschung und Ausbildung verbessern sowie eine stärkere Verbindung der Hochschulen mit der Wirtschaft bewirken.
Vom Staatssekretariat für das Hoch- und Fachschulwesen wurde 1966 die "Prinzipien zur weiteren Entwicklung der Lehre und Forschung an den Hochschulen der DDR" erarbeitet. Von der IV. Hochschulkonferenz im Februar 1967 wurden die Prinzipien in vier Bereiche zusammengefasst:

1. Ausbildung und Erziehung der Studenten.
   Das bedeutete für das Studium mit vier- oder fünfjähriger Dauer Gliederung der Ausbildung in die Abschnitte Grundlagenstudium, Fachstudium, Spezialstudium, Forschungsstudium.
   
2. Forschung.
   Darunter war die Weiterentwicklung der Hochschulforschung auf der Grundlage der Perspektivpläne der naturwissenschaftlichen, technischen, landwirtschaftlichen, medizinischen und gesellschaftswissenschaftlichen Forschung in Übereinstimmung mit den Aufgaben und Zielen der Ausbildung und Erziehung zu verstehen.
   
3. Profilierung.
   Die Profilierung ergibt sich aus der Veränderung des Ausbildungsganges, der Wissenschaftsentwicklung und dem Prozeß der Konzentration und Kooperation der wissenschaftlichen Arbeit. Es sollten Grundlinien der Profile für Ausbildung und Forschung bis 1980 ausgearbeitet werden.
   
4. Leitung der wissenschaftlichen Arbeit im Hochschulwesen.
   Es sollten neue Leitungsstrukturen geschaffen, notwendige Beziehungen zwischen den Wissenschaften durch die Beseitigung der Institutsstruktur erleichtert und die Fakultäten im traditionellen klassischen Verständnis beseitigt,die Fächerstruktur verändert, Sektionen gegründet und Wissenschaftskomplexe eingeführt werden. Dadurch sollte jeglicher Institutsegoismus abgeschafft werden. An die Stelle der Fakultäten traten Sektionen, deren verbindender inhaltlicher Kern eine sogenannte "komlexe Wissenschaftseinheit" war.Die innere Gliederung der Sektionen wurde durch Abteilungen, Forschungskollektive oder so genannte Wissenschaftsbereiche vorgenommen, deren Leiter dem Sektionsdirektor direkt unterstand. Alle Sektionen unterstanden dem Rektor der Universität.

Vervollständigt wurde die Umgestaltung von Forschung und Wissenschaft Ende der sechziger Jahre schließlich durch eine Reform von Struktur und Arbeitsaufgaben der Akademie der Wissenschaften. Die Akademieinstitute waren für die Forschung, die Universitäten und Hochschulen vor allem für Lehre und Ausbildung zuständig.
Mit der dritten Hochschulreform hatte die SED jahrhundertealte Strukturen an den Universitäten zerstört. Die meisten Institute waren aufgelöst, andere verloren ihre Selbständigkeit, sie wurden dem Rektor unterstellt oder gingen in neuen Organisationsformen auf. Krause schätzt trotzdem ein, dass "...nur nach fachspezifischem und mehr ideologieneutralem Gehalt bewertet, ein durchaus beachtenswertes Hochschulsystem, das internationalen Vergleichen standhielt" entstanden war. ¹

An der Karl-Marx-Universität gab es folgende Veränderungen:

• Die Führung der gesamten Reform lag in den Händen der Kreisleitung der SED der Universität.
• In einem Aufruf des Rektors Ernst Werner vom 23. Mai 1968 mit dem Titel "Unser Weg zur sozialistischen Großuniversität - Gedanken zur Verwirklichung der Hochschulreform an der Karl-Marx-Universität" wurden die Aufgaben der Hochschullehre wie folgt formuliert:
• "Hauptaufgabe der Lehre ist die Aus- und Weiterbildung von wissenschaftlichen Fachkräften und leitenden Kadern für die Praxis, die sich als Klassenkämpfer und hochgebildete Fachleute bewähren, die in der Lage sind, gesellschaftliche Prozesse zu führen und die über ein hohes kulturelles Niveau verfügen. In der Lehre müssen solche wissenschaftlichen Disziplinen wie Marxismus-Leninismus, Organisations- und Leitungswissenschaften (sozialistische Witschaftsführung, Kybernetik, Operationsforschung, EDV) und sozialistische Betriebswirtschaft einen zentralen Platz einnehmen."
• Bei der Gründung der Sektionen löste man eine Reihe von Fachrichtungen auf: die Pharmazie, die Geografie sowie die mit der Pflanze verbundenen Wissenschaftsgebiete an der Landwirtschaftlichen Fakultät. Entsprechend der Trennung der landwirtschaftlichen Betriebe in solche, die sich entweder nur mit Pflanzenproduktion oder nur mit Tierproduktion befassten, wurden die "Pflanzenproduktion" und die "Tierproduktion" an der Universität getrennt, indem die Pflanzenproduktion nach Halle ging und die Tierproduktion in Leipzig blieb. Die Tierproduktion und die medizinische Versorgung von Haustieren in großen Herden und Stallungen bildeten die "komplexe Wissenschaftseinheit" der Sektion "Tierproduktion - Veterinärmedizin". Es gab damit auch keine Veterinärmedizinische Fakultät mehr.
• Von 1968 bis Anfang 1969 entstanden 16 Sektionen: ²
  
Sektion Chemie (Juni 1968)
Sektion Asien-,Afrika- und Nahostwissenschaften (Oktober 1968)
Sektion Tierproduktion/Veterinärmedizin (Oktober 1968)
Sektion Marxistisch-leninistische Philosophie/Wissenschaftlicher Sozialismus (Oktober 1968)
Sektion Biowissenschaften (Oktober 1968)
Sektion Marxismus/Leninismus (Dezember 1968)
Sektion Geschichte (Januar 1969)
Sektion Kulturwissenschaften/Germanistik (Januar 1969)
Sektion Theoretische und angewandte Sprachwissenschaften (Januar 1969)
Sektion Rechentechnik/Datenverarbeitung (Januar 1969)
Sektion Phxsik (Januar 1969)
Sektion Mathematik (Januar 1969)
Sektion Rechtswissenschaften (Januar 1969)
Sektion Journalistik (Januar 1969)
Sektion Pädagogik/Psychologie (Februar 1969)
Sektion Politische Ökonomie/Marxistisch-leninistische Organisationswissenschaften (Juli 1969)

• Aus der Medizinischen Fakultät wurde der Bereich Medizin.
  
• Außerdem gab es den Bereich Theologie mit sechs Instituten und einer Abteilung.
  
• 6 direkt dem Rektor unterstellte Institute waren: ³
  
Franz-Mehring-Institut
Institut für internationale und westdeutsche Fragen
Herder-Institut
Institut für Körpererziehung
Institut für tropische Landwirtschaft und Veterinärmedizin
Geophysikalisches Institut mit Observatorium

• Am 12. März 1969 wurden neue Direktorate gebildet: ⁴
  
Direktorat Erziehung und Ausbildung
Direktorat Ökonomie
Direktorat Planung
Direktorat Weiterbildung
Direktorat Kader und Qualifizierung
Direktorat Forschung
Direktorat Internationale Beziehungen

• Auch 6 Fakultäten (Mathematik und Naturwissenschaften, Medizin, Philosophie und Geschichtswissenschaften, Wirtschafts- und Rechtswissenschaften,Kultur-, Sprach- und Erziehungswissenschaften, Agrarwissenschaften) existierten mit einer anderen Bedeutung weiter. Eine Fakultät bestand aus einer Gruppe ausgewählter Professoren und wissenschaftlicher Mitarbeiter aus unterschiedlichen Sektionen. Sie hattendie Aufgabe, Promotionsverfahren durchzuführen, Empfehlungen zur Entwicklung der Wissenschaft zu geben und Vorschläge für Berufungen vorzubereiten. Entscheidungsbefugnisse hatten die Fakultäten aber nicht mehr, sie konnten nur Empfehlungen geben. Über den Fakultäten stand der "Wissenschaftliche Rat".