Der frühlingshafte Rausch der Französischen Revolution von 1789 verflog rasch in den Wirren des folgenden Chaos. Die politischen und wirtschaftlichen Verhältnisse mussten neu geordnet werden, Frankreich bekam eine Verfassung. König, Königin und viele andere wurden hingerichtet. Dem Absolutismus des Königs folgte die Diktatur des Volkes. Viele Aristokraten emigrierten ins benachbarte Ausland und schürten den Widerstand. Es kam zur Säkularisierung der Kirchengüter und der Terror raste über das Land. Europa erschrak über diese Auswüchse. 1792 kam es zum Ersten Koalitionskrieg zwischen Österreich und Preußen auf der einen Seite und dem revolutionären Frankreich auf der anderen. Die Revolutionäre siegten und Europa horchte auf. Die französische Revolutionsarmee überschritt die Grenzen, besetzte das linke Rheinufer und die habsburgischen Niederlande. Die alte Ordnung der europäischen Staaten war bedroht. Unter der Führung Englands schlossen die europäischen Staaten ein Kriegsbündnis gegen Frankreich. Sie besetzten Teile Frankreichs. Die Revolutionäre jedoch kämpften leidenschaftlich, tapfer und einfallsreich. 1794 gelang es ihnen, den Feind aus Frankreich hinauszudrängen.

	Napoleon Bonaparte

In dieser Zeit begann der kometenhafte Aufstieg von Napoleon Bonaparte, der 1793 durch persönliche Tapferkeit und Umsicht die französische Hafenstadt Toulon zurückeroberte. Er diente der Revolution und sich selbst. 1795 schlug er den "Royalisten- aufstand" nieder, eroberte im "Italienfeldzug" 1796-97 große Teile Italiens, zwang Österreich zum Frieden und führte 1798-99 den nicht so erfolgreichen "Ägyptenfeldzug". 1799 nutzte er interne Machtkämpfe in Frankreich, sich gewaltsam an die Spitze der französischen Regierung zu putschen. Von nun an stand Europa für zwanzig Jahre im Banne dieses Mannes. Napoleon versuchte Europa neu zu ordnen, um Frankreichs Vormachtstellung auf dem Kontinent zu stärken. Die linksrheinischen Landesfürsten, die ihre Gebiete an Frankreich abgetreten hatten, wurden mit rechtsrheinischen Reichsgebieten entschädigt. Das "Heilige Römische Reich Deutscher Nation" war in Auflösung. 1804 ließ sich Napoleon zum französischen Kaiser krönen. Der Hauptfeind war England mit dessen Verbündeten Russland und Österreich. England hatte als Schutzschild den Kanal. Als Russland und Österreich England zu Hilfe kommen wollten, konzentrierte sich Frankreich auf diese Verbündeten. 1805 kam es zur "Dreikaiserschlacht" bei Austerlitz, die die Verbündeten verloren. Österreich musste eine Reihe von Gebieten an deutsche Fürstentümer abtreten, die im Sinne Napoleons den "Rheinbund" gründeten. Preußen hatte sich während dieser Zeit neutral verhalten. Es forderte aber Frankreich auf, einige süddeutsche Gebiete wieder zu räumen. Für Napoleon war dies der Anlass zum Angriff auf Preußen. 1806 verlor Preußen in der Doppelschlacht bei Jena und Auerstedt und wurde von Frankreich besetzt. Das Heilige Römische Reich Deutscher Nation erlosch am 6. August 1806 mit der Niederlegung der Reichskrone durch Kaiser Franz II.

Sachsen hatte sich in den bisherigen Kriegen ebenfalls neutral verhalten. Beim Angriff auf Preußen kämpfte es aber auf dessen Seite und wurde auch von Frankreich besetzt. Leipzig musste eine Million Taler für die Stationierung der feindlichen Soldaten in der Stadt aufwenden. Außerdem traf die von Napoleon verhängte Kontinentalsperre gegen alle aus England importierten Waren den Leipziger Handel schwer. Frankreich war aber bemüht, die Allianz Sachsens mit Preußen zu beenden. 1806, im Frieden von Posen, wurde Sachsen Königreich und Kurfürst Friedrich August III. zum König Friedrich August I. von Sachsen gekrönt. Das Königreich Sachsen von Napoleons Gnaden wurde zu einem französischen Protektorat. Es musste Mitglied des Rheinbundes werden und Soldaten zur Verfügung stellen. Es hatte außerdem umfangreiche Entschädigungen an Frankreich zu zahlen. Es erhielt von Preußen den Cottbuser Kreis, musste aber auf sein Territorium zwischen Erfurt und dem Eichsfeld zugunsten des geplanten Königreichs Westfalen verzichten. 1807 erhielt der sächsische König das Herzogtum Warschau. Im Rahmen des Rheinbundes kämpfte Sachsen 1807 gegen Preußen und Russland. 1809 nahm es am Feldzug gegen Österreich teil. 1812 beteiligte es sich mit 21.000 Soldaten im Rahmen des Rheinbundes am Krieg Napoleons gegen Russland, der in einer Katastrophe endete.
Für die Universität Leipzig hatten die Kriegshandlungen zur Folge, dass die gerade eingeleiteten Maßnahmen zur Universitätsreform unterbrochen und um viele Jahre verschoben wurden.